生于大海,守护大海,去往大海——,那就是蓝色人鱼！,憧憬着守护海洋安全的职业“蓝色人鱼”进入横须贺女子海洋学校的岬明乃,被任命为航洋舰“晴风”的舰长,和同班的成员一同参加海洋实习。,本应是驱动舰船前往目的地的安全航海,但等待着她们的却是接连不断的危机。来自教员舰突然的发炮,与失控的其他学生舰的战斗,救难船的救护活动等等,她们历经千辛万苦地跨越了这种种困难,终于平安返回陆地,成员之间也由此结下了牢固的牵绊。,骚动后过了1个月,正在享受考试假期的晴风成员遭遇了新的危机——晴风班将面临解体。晴风成员在大为动摇的同时,再度团结一致,最终阻止了班级的解体,更进一步加深了牵绊。,之后,晴风解体危机之后3个月——,在横须贺举办了包括吴,舞鹤,佐世保在内的全体女子海洋学校学生齐聚一堂,开展文化祭与体育祭的“竞斗游戏会”,明乃等晴风班成员也为了准备欢迎祭而忙成一团。,大和,信浓,纪伊等超大型舰的班级也都前来集会,就在各种各样的演出与竞技正火热的时候,新的“危机”正向她们逼近……！
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