小智（松本梨花,配音）带着皮卡丘（大谷育江,配音）,和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上,一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠,配音）的少女麦亚丽（中川翔子,配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环,带领大家在不同的地点来回穿梭。,地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了,曾经,在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争,亦是因为这场战争,这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里,麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也,配音）汇合了,让大家没有想到的是,巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中,封印被解开了,那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日,而它的真实身份,竟然是超胡巴（山寺宏一,配音）。
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