曾几何时,神秘生物奇居子入侵太阳系,致使人类流离失所,只能乘坐行星般大小的巨型飞船希德尼娅流浪在茫茫宇宙中。如是过了漫长的一千年,而今希德尼娅的居民们已有一百年未曾遭遇奇居子,不过他们从未放松警惕,培养了一代又一代操纵人形兵器“卫人”的驾驶员。某天,居住在地下的青年谷风长道（逢坂良太,配音）迫于饥饿爬到地面,偷米后被人抓住,后在舰长（大原沙耶香,配音）的授意下成为卫人驾驶员第628期的训练生,在这里他见到了有过一面之缘的善良女孩星白闲（洲崎绫,配音）,友好的第三性人科户濑伊扎那（丰崎爱生,配音）以及高傲刚愎的岐神海苔夫（樱井孝宏,配音）等人。未几,少年们外出执行采集任务,甚至却遭逢百年不见的奇居子。沉寂已久的宇宙战争再度拉开帷幕……,本片根据贰瓶勉的漫画原作改编。
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